A katasztrófa utáni 45. napon járunk. Az események innentől kezdve két szálon futnak, melyek az idő során összefonódnak. Az egyik a már korábban megismert szereplők tábora, a másik szál a tutaj-szerencsétlenség 3 felnőtt szereplőjével foglalkozik,Waltról csak később tudunk meg több információt. Az évad egy ismeretlen személy reggelével kezdődik, aki a Locke-ék által felfedezett bunkerben éli az életét immáron 3.éve. Jack Shephard és John Locke, miután berobbantották a bunker bejáratát, lemerészkednek a mélybe. Először Locke megy le, akit az ott élő Desmond Hume foglyul ejtett. Shephard utána ered és kisebb dialógus után felismeri az egyedül élő férfit, korábban találkoztak egy sportcsarnokban, ahol együtt futottak. Nem tudnak róla, de Kate Austen is utánuk ment. A bunkerbe való behatolás után megismerkedünk a szigetet behálózó tudományos intézettel, a DHARMA Kezdeményezéssel. Eközben a sziget túloldalán, Sawyer és Michael partot érnek hosszú vergődés után. Ekkor Jin hátrakötött kézzel rohan feléjük, és kiáltja, hogy "többiek, többiek". A távolban megjelenik 3 személy, akiket csak nagyon homályosan lehet látni. Az egyikük, Mr.Eko leüti mindannyiukat és egy földbe beásott ketrecbe zárják be őket. Hosszú idő után kiengedik őket, hogy tisztázhassák magukat, és megtudjuk, hogy a maroknyi ember, akik fogságba ejtették a 3 túlélőt, a repülőgép farokrészében ültek. Betekintést nyerünk az ő első 48 napjukba is. Ők azonnal tudtak a "Többiek" jelenlétéről, ugyanis már az első nap 9 embert elraboltak, később még többször is felbukkantak náluk. Ez konfliktushoz vezetett a táborukban, és Ana Lucia Cortez, az egyik vezéregyéniség a táborban, gyanakodni kezd egy férfira, akit bezárnak a ketrecbe. Később kiderült, hogy nem ő a tettes, hanem Goodwin Stanhope, aki szintén a többiektől jött. Mikor Ana Luciával egyszer elmennek sétálni, a nő rájön,hogy Stanhope állt az egész mögött, és a hasába döf egy dárdát a férfinak. Ekkor úgy döntenek az ott élők, hogy csatlakoznak a másik táborhoz, így elhagyják régi otthonukat. A megsebzett Sawyert viszont nem egyszerű ellátni a túra közben, több nehézség is adódik vele ez idő alatt (a többiek lőttek bele a vállába még a tutajon). Mikor megérkeznek, Shannon épp a víznél tevékenykedik, amikor meglátja Waltot, akiről ömlik a víz, és valamit suttog neki, ám ezt nem lehet érteni. Shannon utána ered, ám Walt menekül és Ana Lucia véletlen hasba lövi a nőt, mivel azt hiszi,hogy ő is egyike a többieknek. Sayid, akivel közben kezdett elmélyülni kapcsolata, meglátta,hogy a lány súlyosan megsebesült és odarohant, ekkor már világos volt a farokrész túlélőinek, hogy egy "szövetségest" lőttek le. A túlélők és a „Többiek” konfliktusa eközben egyre csak fokozódik; a tudomány és a hit ellentéte kiemelt szerepet kap. Míg korábbi rejtélyek megválaszolódnak, újabbak kerülnek előtérbe. Nem sokkal később Michael elindul és megkeresi a fiát, de egyedül akarja ezt csinálni, így Shephard-öt és Locke-ot bezárja a bunker fegyverraktárába. Miután sikerül kiszabadulniuk, Jack, Locke és Sawyer utána megy, hogy segítsenek, ám az egyik éjjel a többiek területére tévednek. Itt találkoznak Tommal, az álszakállas úriemberrel, aki a többiek vezetőjét képviseli. Hosszas beszélgetésükben rátérnek arra, hogy mit nem szabad csinálniuk a túlélőknek a szigeten, hiszen ez a hely nem az övék. Megpróbálja rábírni Locke-ékat, hogy tegyék le a fegyvert és távozzanak, ám Jack nem hisz a fenyegetéseknek és nemet mond. Ekkor egy ismerős nevet szólítanak: "Alex,hozd ide őt". Egy nőt hoznak ki zsákkal a fején, akiről kiderül, hogy Kate az. Utánuk ment, hogy segítsen, ám terve balul sült el. Ezzel meggyőzték őket, hogy távozzanak, ám még itt nincs vége a harcnak. Miután visszatértek, elkezdték kidolgozni a tervet,hogy hogy is lehetne legyőzni a többieket. Váratlanul Russeau,a francia hölgy bukkan fel, hogy talált valakit az erdőben, és meg van győződve róla, hogy a többiek közé tartozik. Az úriembert, álnevén Henry Gale-t a bunkerbe viszik és elkezdik kérdezgetni. Elmondja, hogy egy hőlégballon-szerencsétlenség áldozata lett, és feleségével lezuhantak, ám a nő nem élt sokáig.S ayid azonban nem hitt neki, és megkínozta, de nem jutott előrébb. Rajzoltattak vele egy térképet, hogy megkeressék a hőlégballont. Míg Sayidék távol voltak, Locke és Henry magukra maradtak, és egy szokatlan dolog történik: a bunker ajtajai lezáródnak, a gombot pedig meg kell nyomni. Az ajtók zárásakor Locke-nak megsebesül a lába, az egyik ajtó rácsukódik. Ekkor megkéri Gale-t, hogy nyomja meg a gombot, ám a férfi később azt hazudta neki, hogy nem csinált semmit, a veszély mégis elmúlt. Míg feküdt, Locke látott egy hologramtérképet, amely egy ötszöget ábrázolt,k özepén egy hatodik ponttal, mindegyik pont egy kérdőjel volt. Miután lerajzolta a térképet, Mr. Eko a segítségére ered, mivel Locke már nem hisz többé a "gombnyomogatásban". Útjuk során Eko rájön, hogy a rajz egy térkép, amely a DHARMA kezdeményezés hat fő állomását jelzi. Ekot álmok vezetik, álmaiban az öccse, Yemi jelenik meg, és ő irányítja. Végül megtalálják a bunkert a régi sárga gép roncsai alatt, ami kiderült, hogy Eko gépe volt, az ő drogokat tartalmazó Mária-szobrai voltak benne az öccsével együtt. A gép pont a bunker tetejére zuhant, amit kinyitottak. Mikor leérkeztek és felkapcsolták a villanyt, egy hatalmas szekrény tele televíziókkal jelent meg, amelyeken a többi állomást figyelték meg. Itt Locke teljesen elvesztette a hitét, és eldöntötte, hogy nem fogja többet megnyomni a gombot, ebbe a tervébe Desmondot is belevette. Eko azonban egy különös dologra lesz figyelmes: a kulcs a nyakában elkezd magától felemelkedni, mikor elhalad egy vasszerkezet mellett a bunkerben. Ekkor ő már tudja, hogy ez nem lehet hazugság. Közben Sayidék visszajöttek, és kiderült, hogy a fogoly neve nem Henry Gale, hiszen az ő maradványait találták meg elásva a hőlégballon alatt. Michael nem sokkal később visszatért, hogy kiszabadítsa a többiek tagját, ugyanis felszólították erre a fiáért cserébe. Azzal viszont nem számolt, hogy súlyos hibát vét: Ana Luciát és Libbyt is megöli, majd saját magát vállon lövi, miután kinyitotta a fogvatartottnak az ajtót,álcázván egy szökést. Michael-nek azonban ez volt a terve. 4 embert kellett elvinnie, Jacket, Kate-et, Sawyert és Hugot. Ez sikerült is neki, de Jacket Sayid figyelmeztette, hogy Michaelt megzsarolták, így segíteni fog nekik. Azzal a hajóval fog hátulról menni, amellyel Desmond jött vissza a szigetre. Megpróbált elmenekülni azután, miután egy incidens történt a számítógéppel és meg kellett javítani azt, de elfutott, hogy elmenekülhessen a szigetről, ám terve balul sült el. A sziget visszavonzotta őt és ugyanott kötött ki. Miután a két halottat eltemették, az 5 személy útnak indult a többiek táborába, ám út közben Kate kifigyeli, hogy követik és tüzet nyit a két követőre, egyet sikerül lelőni. Jack elárulja, hogy tud Michael tervéről és nem fordulhatnak vissza, különben lelövik őket. A bunkerban eközben Locke és Desmond be vannak zárkózva, lezárták az ajtókat azzal a trükkel, amit még korábban Kelvin, Desmond elődje mutatott. Eko megpróbálja berobbantani az ajtót, ám az atombombabiztos, így semmi nem történik. Jackéket elkapják a többiek és a kikötőbe viszik, ahol Ben Linus (korábban Henry Gale) várja őket, és úgy tűnik, hogy ő az eredeti vezetője az "őslakosoknak". Rátérnek az üzletre és Waltot a motorcsónakkal együtt elhozzák Michaelnek. A bunkerban Desmond rájön, hogy miatta zuhantak le a túlélők és megpróbálja beütni a kódot, ám Locke ledobja a gépet, amely azonnal tönkremegy. Ekkor Desmond úgy dönt,hogy itt az idő, el kell fordítani a kulcsot. Miután lejár az idő, hirtelen minden elkezd rázkódni, a mágnesesség mindent magához vonz és az egész épületből egy hatalmas káosz lesz. Eko megjelenik és Locke bocsánatot kért a "súlyos tévedéséért". Desmond elfordítja a kulcsot, ami felrobbantja a bunkert, ekkor az ég bíborszínűvé vált és nagyon magas frekvenciájú hangot ad ki, amitől majdnem megsüketülnek az emberek. Miután vége van, a kikötőt látjuk ismét, ahogy az üzletet lebonyolították és Michael fiával együtt távozik a szigetről. Az évad úgy végződik,hogy az északi sarkon van két férfi, aki megfigyeli a szigetet, elektromágneses jelek után keresve. A két férfiről kiderül,hogy Desmond korábbi szerelmének, Penelopé Widmore-nak dolgoznak, aki egy nagyon befolyásos üzletember lánya.